Dla utrzymania sprawności systemów kanalizacji deszczowej niezwykle ważne jest czyszczenie zbiorników stanowiących końcowy etap zagospodarowania wody opadowej z terenów utwardzonych. Są to zbiorniki (baseny) które dzielimy na 3 zasadnicze grupy:

-przepływowe- mające na celu złagodzenie dużego przepływu przed odprowadzeniem do odbiornika

-retencyjne – mające na celu zmagazynowanie wody deszczowej np. na cele gospodarcze lub pożarowe

-odparowujące – poprzez względnie dużą powierzchnię woda w nim zgromadzona znika poprzez parowanie

-infiltracyjne – poprzez wykonanie nieszczelnego dna woda w nim zgromadzona infiltruje do gruntu

Duża część zbiorników spełnia wszystkie wyżej wymienione funkcje jednocześnie. Zbiorniki retencyjne wymiaruje się poprzez obliczenia natężenia przepływu wody deszczowej z obliczanej powierzchni. Są to zazwyczaj drogi/place manewrowe oraz dachy budynków. Najczęściej zbiorniki wykonuje się w technologii płyt ażurowych lub płyt typu JOMB. Są to płyty żelbetowe z otworami wykonane na specjalnej podsypce w okresie wykonania płyty na skarpach zbiornika kotwi się za pomocą kołków drewnianych, późniejszym okresie przytwierdzaniu się ich do podłoża sprzyja korzenienie porastającej trawy i innej roślinności. Inne technologie wykonania zbiorników to płyty szczelne żelbetowe monolityczne lub w postaci prefabrykatów (głównie dla zbiorników odparowujących) oraz geowłóknina, rzadziej stosuje się zbiorniki gruntowe bez umocnienia skarp ze względu na ryzyko ich podmywania. Często spotyka się również mieszaną technologię wykonania np. dno gruntowe, ewentualną podsypką filtracyjną, skarpy wyłożone płytami.

W ramach eksploatacji basenów deszczowych wykonuje się ich przeglądy oraz czyszczenia.  Czyszczenie zbiorników przeprowadza się w sytuacji ich znacznego zamulenia zarastania utrudniającego filtrację lub dalszy przepływ wody, jak również ze względu na aspekty estetyczne. Czyszczenie polega na wykoszeniu roślinności przerastającej skarpy (nie zaleca się usuwania roślinności skarpowej z korzeniami ze względu na ryzyko utraty stateczności skarp) oraz usunięciu szlamu dennego z porastającą roślinnością. Zazwyczaj szlam denny usuwa się poprzez odpompowanie wydajnymi pojazdami asenizacyjnymi lub ręcznie. Bardzo duże znaczenia dla szybkości i łatwości wykonania czyszczenia ma konstrukcja zbiornika. Najłatwiej czyści się zbiorniki w całości obudowane pełnymi płytami betonowymi. Ze względu na brak otworów w płytach porastająca je roślinność ma systemu korzeniowe jedynie w szlamie dennym więc łatwo ją odspoić i usunąć. Nieco trudniej wykonuje się porządkowanie basenów wyłożonych geowłókniną. Co prawda tutaj również nie występuje przerastanie korzeni pod dnem ale z uwagi na grubość włókniny i jej zmarszczenia należny te usługi wykonywać bardzo delikatnie (zwłaszcza przy czyszczeniu mechanicznym). Najtrudniejsze do oczyszczenia są zbiorniki wyłożone płytami ażurowymi. W zbiornikach w których normalny poziom wody jest niski często rozwija się bujna roślinność na dnie, a jej system korzeniowy przerasta przez otwory technologiczne płyt dużo poniżej dna przez co jest bardzo trudna do usunięcia. Dodatkowo czyszczenie hydrodynamiczne (czyli rozwadnianie szlamu dennego) w takim zbiorniku nie jest zalecane z uwagi na wymywanie podsypki żwirowej pod płytami przez silny strumień wody. W celu uniknięcia wysokich kosztów czyszczenia znacznie zamulonych i zarośniętych zbiorników zaleca się ich regularne czyszczenie już przy niewielkim stopniu zanieczyszczenia.